일본은 항공로, 철도망, 도로망, 해운로 등이 체계적으로 잘 갖춰져 있다.
따라서 일본 내에서 빠르고 안전하게 여행할 수 있다. 그러나 교통 경비는 무척 비싸므로 여행 목적이나 지역, 그리고 예산을 고려해 가장 저렴하면서도 여러 곳을 돌아볼 수 있는 최선의 교통수단을 이용하는 것이 바람직하다.

버스

대부분의 도시나 관광지에 연결이 되어 있지만 지하철을 이용하는 것이 더 유리하고 대도시간의 버스는 대개 신칸센 (新幹線)보다 늦고 비싸므로 기차를 이용하는 편이 좋다. JR 패스를 가진 여행객은 JR에서 운행하는 버스를 무료로 탈 수 있다.지하철이 발달한 관계로 버스이용자는 그리 많지 않다. 기본요금이 비싼 점도 큰 단점이며. 버스정류장은 행선지가 같더라도 경영하는 회사에 따라 달라진다.또한 정류장 표시 판이 세워진 곳에 정확하게 정차하므로 한국에서처럼 그 근처까지 다 왔다고 해서 버스를 향해 달려갈 필요는 없다. 승차한 후에는 입구에 있는 요금 통에 요금을 집어넣는다. 기본 요금은 200엔 - 220엔.

비행기

도쿄에는 나리타(成田) 국제 공항과 하네다(羽田) 국제 공항이 있는데 하네다 공항은 주로 국내선이 이용한다.
오사카(大阪)에는 신간사이(關西) 공항이 있고 각 지방 공항에는 일본항공(JAL), 젠닛쿠(ANA), 일본 에어 시스템 (JAS) 등이 있다.

철도

7개의 여객 수송 업체의 공동 명칭 JR(Japan Rail)과 시테쓰(私鐵), 그리고 각 지방 자치단체가 운영하는 지방선이 일본 전역을 연결한다.

JR 열차

초특급인 신칸센(新幹線), 도큐(特急), 큐코(急行), 가이소쿠(快速), 후쓰(普通) 등이 있으며 철도 티켓은 JR 패스와 청춘18 티켓, 슈유켄(周遊券)등이 있다. JR 패스는 외국인들을 위해 마련된 저렴하고 편리한 패스이다.

페리

일본은 섬나라이기 때문에 선박 교통이 무척 발달해 있다.
배 안에서 숙박을 할 수 있고 각 도시 마다 연결된 노선이 많이 있는 반면에 여행 시간이 많이 든다는 단점이 있다.
규슈(九州)의 벳푸(別府)와 오사카(大阪)를 잇는 노선, 벳푸(別府)와 시코쿠(四國)의 서해안을 연결하는 단거리 왕복 노선, 후쿠오카(福岡)나 가고시마(鹿兒島)에서 오키나와(沖繩) 사이의 장거리 노선, 그리고 홋카이도(北海道)에서 니가타(新潟)나 센다이(仙臺)를 연결하는 노선이 이용할 만하다.

택시

택시는 서울처럼 택시를 이용하는 사람이 많지는 않으므로 잡기 쉽다.
전철이나 지하철에 비해 기본요금이 비싸기 때문이다.(회사별로 차이가 있으나 보통 650엔) 노상에서 달리고 있는 택시를 잡기 위해서는 앞 유리창에[空車]라고 빨간 불이 켜졌을 경우 손을 들면 됩니다. '택시'라고 외치지 말며, 택시문의 개폐도 자동이므로 자신이 직접 열고 닫지 않도록 한다. 일본에서는 승강구가 왼쪽 문이 되므로 실수하지 않도록 한다. 혼자 탈 경우에는 뒤쪽 좌석에 탈것. 혼자라 해서 기사 옆의 조수석으로 타면 오히려 이상한 사람으로 오해받게 된다.

자전거

일본은 자전거문화가 매우 발달해 있어서 대도시는 물론 자연경관이 수려한 관광지에서도 대부분 자전거 전용도로가 마련되어 있다. 역과 상점 등 어느 곳에서나 자전거 보관소를 쉽게 찾아 볼 수 있으며, 교통비가 절감되므로 가까운 거리는 자전거를 이용하면 건강에도 좋다. 5000엔 정도면 중고 자전거를 구입할 수 있다.

지하철

일본의 경우 주요 교통수단은 전철이고, 버스나 택시는 한국과 달리 보조적인 기능만 한다. 버스는 교통체증과 운행간격 문제로, 택시는 요금부담 때문에 많이 이용되지 않는다. 야마노테센(山手線), 중앙선, JR선을 비롯해 지하철도 관영 지하철 8개 노선, 시영지하철 4개 노선으로 거미줄처럼 얽혀 있다. 지하철의 자동발매기는 서울의 지하철에서와는 달리 먼저 돈을 투입한 후에 필요한 역의 단추를 누르며, 2장구입시에는 돈을 투입한 후 매수의 단추를 먼저 누른 후 요금표시를 누른다. 기본요금 140엔. 구입한 티켓은 구입한 날밖에 사용하지 못하니 주의하도록 한다.